ניצחונו של חמאס באוניברסיטת ביר זית לפי כחודש, זעזע את הארגון הצבאי של הפתח, ואת רמאללה בכלל. ראשי הסניפים של הארגון בגדה, דרשו השבוע מהפתח והרשות להקים ועדת חקירה של הרשות הפלסטינית, לעניין התפשטותו של חמאס בגדה המערבית, והאיום שטמון בכך לאשף ופתח. ההתפתחות הזאת בתנזים אינה צפויה, שכן בהשקפה הצבאית, פעילי התנזים קרובים להשקפות של חמאס, והתנזים אף מקיים קשרים עם חיזבאללה, וגם עם גדודי אל אקצה ברצועת עזה. ככל הנראה, העובדה שנציגיו הפסידו לנציגי חמאס באוניברסיטת ביר זית, גורמת למנהיגי התנזים למהר ולבדל כעת את הארגון מחמאס, כדי למנוע את התרסקותו של תנזים גם ברחוב.
ראשי הסניפים, טוענים כי נצחונו של חמאס באוניברסיטת ביר זית, מביע עליה משמעותית בכוחו של הארגון בגדה המערבית בכלל, והאיום שלו כעת על אש"ף, על הפתח וגם על התנזים הוא כעת איום מוחשי. ראש סניף התנזים ברמאללה, אף התפטר מתפקידו ביום חמישי (23 ביוני), וכל ראשי הסניפים בגדה המערבית הביעו בו תמיכה, והודיעו שגם הם יתפטרו. בעקבות הסערה, זימן אליו ביום חמישי ראש התנזים החדש בפתח, מוחמד אל מדני, את כל ראשי הסניפים של הארגון, בניסיון להוריד את גובה הלהבות. אין תגובה רשמית לגבי תוצאות הפגישה, אבל מקור פלסטיני אמר כי אל מדני הצליח להרגיע את ראשי התנזים. ככל הנראה הבטיח מדני שהרשות והפתח יהדקו עוד את הלחץ סביב פעילי חמאס ומנהיגיו בגדה, וכן אמר למנהיגי הארגון כי הופסק כל משא ומתן עם חמאס. המקור הפלסטיני שב וציין כי ברשות ובפתח איבדו תקווה להסכמה פוליטית עם חמאס: "חמאס רוצה להחליף את אש"פ כמייצג של העם הפלסטיני, ולא מעוניין להגיע עם אש"פ להסכם פוליטי"
صدم انتصار حماس في جامعة بير زيت قبل نحو شهر التنظيم العسكري لفتح ورام الله بشكل عام. هذا الأسبوع, طالب رؤساء أفرع التنظيم في الضفة الغربية فتح والسلطة الفلسطينية بتشكيل لجنة تحقيق مع السلطة الفلسطينية, فيما يتعلق بانتشار حماس في الضفة الغربية, والتهديد الذي تشكله على الساحر وفتح. هذا التطور في التنظيم لا يمكن التنبؤ به, فمن وجهة النظر العسكرية, فإن ناشطي التنظيم قريبون من وجهات نظر حماس, وحتى التنظيم يحتفظ بعلاقات مع حزب الله, وكذلك مع كتائب الأقصى في قطاع غزة. على ما يبدو, خسارة ممثليه أمام ممثلين عن حماس في جامعة بير زيت جعلت قادة التنظيم يسرعون ويفصلون بين المنظمة وحماس, من أجل منع التنظيم من
الانهيار في الشارع أيضًا.
يزعم رؤساء الفروع أن فوز حماس في جامعة بير زيت يعكس زيادة ملحوظة في قوة المنظمة في الضفة الغربية بشكل عام, وأن تهديدها الحالي لمنظمة التحرير الفلسطينية وفتح والتنظيم يمثل الآن تهديدًا ملموسًا. (23 حزيران / يونيو), وعبر جميع مسؤولي فرع الضفة الغربية عن دعمهم له, معلنين أنهم سيستقيلون هم أيضًا, وبعد العاصفة, استدعى الرئيس الجديد للتنظيم في فتح, محمد المدني, جميع رؤساء فروع التنظيم في محاولة لخفض ألسنة اللهب. ولا يوجد رد رسمي على نتائج الاجتماع, لكن مصدرا فلسطينيا قال إن المدني نجح في طمأنة قادة التنظيم. من الواضح أن مدني وعد بأن السلطة الفلسطينية وفتح ستزيدان من تشديد الضغط على نشطاء حماس وقادتها في الضفة الغربية, كما أخبر قادة المنظمة أن جميع المفاوضات مع حماس قد توقفت. وجدد المصدر الفلسطيني أن السلطة الفلسطينية وفتح فقدا الأمل في التوصل إلى اتفاق سياسي مع حماس: "حماس تريد أن تحل محل منظمة التحرير الفلسطينية كممثل للشعب الفلسطيني, وليست معنية بالتوصل إلى اتفاق سياسي مع منظمة التحرير الفلسطينية".